Le Biblioteche Centrali ex-interdipartimentali sono strutture uniche dal punto di vista amministrativo-gestionale; possono mantenere sedi separate quando non siano possibili accorpamenti fisici.

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Biblioteca di Agraria

La Biblioteca "Gabriele Goidanich" è la struttura di riferimento per il plesso di Agraria, situato a Bologna, in viale Fanin.
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Biblioteca del Navile

La Biblioteca del Navile è costituita dalla fusione avvenuta nel 2022 delle biblioteche di Astronomia, Chimica “Giacomo Ciamician”, Chimica Industriale, Farmacia e biotecnologie.
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Biblioteca di Ingegneria e Architettura

La Biblioteca di Ingegneria e Architettura è la struttura bibliotecaria di riferimento della Scuola di Ingegneria e Architettura Campus di Bologna ed è costituita dalla federazione della Biblioteca di Ingegneria "Gian Paolo Dore" e delle biblioteche dei dipartimenti DA, DEI, DICAM e DIN.
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Biblioteca di Medicina

La Biblioteca di Medicina è costituita dalla federazione delle Biblioteche Biomedica e Clinica "Bianchi", e delle biblioteche e fondi librari dei Dipartimenti DIBINEM, e DIMEC.
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Biblioteca di Matematica, Fisica e Informatica

La Biblioteca di Matematica, Fisica e Informatica è promossa dai Dipartimenti di Fisica e Astronomia, Informatica - Scienza e Ingegneria e di Matematica.
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Biblioteca di Veterinaria

La Biblioteca "G. B. Ercolani" è la struttura di riferimento per il plesso di Veterinaria situato a Ozzano.